Admin, у меня такая ситуация была, только по уроку физкультуры. Возможно от нее легче отказаться, но напишу. Вдруг также можно сделать.
"Муж" ходил к директору школы и сказал, что раз в школе урок физкультуры никакой, то он сам будет заместо урока возить сына в бассейн и тренажерный зал, в связи с этим просит снять с сына обязанность посещать этот урок.
Директор согласилась и попросила написать заявление и принести договор с учреждением, чтобы было подтверждение посещения.
Поговорите с директором, думаю, что тоже нужно будет заявление и какое то подтверждение, что он изучает этот предмет самостоятельно.